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Pages personnelles

• ORCID : https://orcid.org/0000-0001-5355-3408
• ResearchGate : https://www.researchgate.net/profile/Camille-Rustenholz
• Twitter : https://twitter.com/cam_rusty
• CV HAL : https://cv.hal.science/camille-rustenholz

Projet

Mon sujet de recherche est la génomique de la vigne. J’ai développé des thématiques de recherche de génomique structurale, fonctionnelle et comparative en contribuant à l’identification et à la caractérisation des familles de gènes impliquées dans les arômes du vin et la résistance de la vigne aux pathogènes. Je développe actuellement une nouvelle thématique de recherche visant à comprendre les déterminants génomiques de la recombinaison méiotique et ses conséquences sur la création de nouvelles variétés de vigne. J’ai développé une expertise en transcriptomique, en assemblage de génomes et en développement d'outils et de pipelines pour rendre les données omiques accessibles aux biologistes (par exemple GREAT). J’ai récemment dirigé un consortium qui a fourni la dernière version du génome de référence de la vigne (Velt et al., 2023 ; Shi et al., 2023 ; https://grapedia.org/genomes/). Je coordonne actuellement un consortium européen dont le but est le développement d’une interface web d’exploration et d’analyse de données omiques de vigne nommée Grapedia.

Publications représentatives

• Shi X, Cao S, Wang X, Huang S, Wang Y, Liu Z, Liu W, Leng X, Peng Y, Wang N, Wang Y, Ma Z, Xu X, Zhang F, Xue H, Zhong H, Wang Y, Zhang K, Velt A, Avia K, Holtgräwe D, Grimplet J, Matus JT, Ware D, Wu X, Wang H, Liu C, Fang Y, Rustenholz C*, Cheng Z*, Xiao H*, Zhou Y* (2023) The complete reference genome for grapevine (Vitis vinifera L.) genetics and breeding. Hortic Res. doi: 10.1093/hr/uhad061.      *co-derniers auteurs
• Velt A, Frommer B, Blanc S, Holtgräwe D, Duchêne É, Dumas V, Grimplet J, Hugueney P, Kim C, Lahaye M, Matus JT, Navarro-Payá D, Orduña L, Tello-Ruiz MK, Vitulo N, Ware D, Rustenholz C (2023) An improved reference of the grapevine genome reasserts the origin of the PN40024 highly homozygous genotype. G3 Genes|Genomes|Genetics. doi: 10.1093/G3JOURNAL/JKAD067
• Navarro-Payá D, Santiago A, Orduña L, Zhang C, Amato A, Inca ED, Fattorini C, Pezzotti M, Tornielli GB, Zenoni S, Rustenholz C, Matus JT (2022) The Grape Gene Reference Catalogue as a Standard Resource for Gene Selection and Genetic Improvement. Front Plant Sci 12: 1–7
• Badouin H, Velt A, Gindraud F, Flutre T, Dumas V, Vautrin S, Marande W, Corbi J, Sallet E, Ganofsky J, Santoni S, Guyot D, Ricciardelli E, Jepsen K, Käfer J, Berges H, Duchêne E, Picard F, Hugueney P, Tavares R, Bacilieri R*, Rustenholz C*, Marais G* (2020) The wild grape genome sequence provides insights into the transition from dioecy to hermaphroditism during grape domestication. Genome Biol 1–24. *co-derniers auteursRecommandé par Charlesworth D: Faculty Opinions Recommendation of [Badouin H et al., Genome Biol 2020 21(1):223]. In Faculty Opinions, 10 Nov 2020; 10.3410/f.738628457.793579660
• Duchêne É, Dumas V, Butterlin G, Jaegli N, Rustenholz C, Chauveau A, Bérard A, Le Paslier MC, Gaillard I, Merdinoglu D (2020) Genetic variations of acidity in grape berries are controlled by the interplay between organic acids and potassium. Theor Appl Genet 133: 993–1008
• Delame M, Prado E, Blanc S, Robert-Siegwald G, Schneider C, Mestre P, Rustenholz C, Merdinoglu D (2018) Introgression reshapes recombination distribution in grapevine interspecific hybrids. Theor Appl Genet. doi: 10.1007/s00122-018-3260-x
• Ilc T, Arista G, Tavares R, Navrot N, Duchêne E, Velt A, Choulet F, Paux E, Fischer M, Nelson DR, Hugueney P, Werck-Reichhart D, Rustenholz C (2018) Annotation, classification, genomic organization and expression of the Vitis vinifera CYPome. PLoS One. doi: 10.1371/journal.pone.0199902
• Canaguier A, Grimplet J, Di Gaspero G, Scalabrin S, Duchêne E, Choisne N, Mohellibi N, Guichard C, Rombauts S, Le Clainche I, Bérard A, Chauveau A, Bounon R, Rustenholz C, Morgante M, Le Paslier M-C, Brunel D, Adam-Blondon A-F (2017) A new version of the grapevine reference genome assembly (12X.v2) and of its annotation (VCost.v3). Genomics Data 14: 56–62
• Rustenholz C, Choulet F, Laugier C, Šafář J, Šimková H, Doležel J, Magni F, Scalabrin S, Cattonaro F, Vautrin S, Bellec A, Bergès H, Feuillet C, Paux E (2011) A 3,000-Loci Transcription Map of Chromosome 3B Unravels the Structural and Functional Features of Gene Islands in Hexaploid Wheat. Plant Physiol 157: 1596–1608
• Choulet F, Wicker T, Rustenholz C, Paux E, Salse J, Leroy P, Schlub S, Le Paslier M-C, Magdelenat G, Gonthier C, Couloux A, Budak H, Breen J, Pumphrey M, Liu S, Kong X, Jia J, Gut M, Brunel D, Anderson JA, Gill BS, Appels R, Keller B, Feuillet C (2010) Megabase level sequencing reveals contrasted organization and evolution patterns of the wheat gene and transposable element spaces. Plant Cell 22: 1686–1701

Parcours

• A partir de juin 2024 : Directrice de Recherches INRAE
• Septembre 2023 : Soutenance d’HDR, intitulée « Génomique structurale, comparative et fonctionnelle pour décrire et comprendre l’organisation et la diversité des génomes de plantes d’intérêt agronomique ».
• Depuis avril 2023 : Directrice d’Unité adjointe de l’UMR SVQV
• Septembre 2012 à mai 2024 : Maître de conférences à l’Université de Strasbourg
• 2011 – 2012 : Postdoctorante en génomique du maïs au Schnable’s Lab au sein du Plant Sciences Institute d’Iowa State University (Ames, IA, USA).
• 2010 : Doctorat de l’Université Blaise Pascal de Clermont-Ferrand, intitulé « Impact de la structure du génome sur l’organisation, la régulation et la fonction des gènes du chromosome 3B du blé tendre » (supervision Etienne Paux et Catherine Feuillet)

Collaborations

• INRAE Montpellier (AGAP), Bordeaux (EGFV), EPGV
• CIBIO Porto (Portugal), TomsBiolab (Espagne), CITA (Espagne), Fondazione Edmund Mach (Italie), CeBiTech (Allemagne), CSHL (États-Unis)