La présence de deux nouveaux virus de vigne identifiée en France

Résumé :

On connait près de soixante dix virus et viroïdes capables d’infecter la vigne et de nouveaux virus sont régulièrement découverts. Parmi ces nouveaux agents, le Grapevine Pinot gris virus (GPGV), qui semble associé à une pathologie particulière et le Grapevine Red globe virus (GRGV), dont le pouvoir pathogène n'est pas avéré sur vigne, ont été identifiés pour la première fois dans les vignobles français par une collaboration entre deux équipes SPE.

Contexte et enjeux :

Parmi les 70 virus et viroïdes infectant la vigne, de très nombreux d’entre eux sont capables de causer des symptômes, parfois graves. Ils sont le plus souvent présents en association, ce qui rend délicate l'analyse de l’étiologie de ces viroses. De nouveaux virus de vigne sont régulièrement découverts, en particulier ces dernières années avec la montée en puissance des approches de diagnostic non ciblées par séquençage haut débit. Dans le même temps, de nombreuses pathologies d’origine encore inconnue mais vraisemblablement virale, dont des syndromes de dépérissement qui affectent la longévité des vignobles, existent chez la vigne. Parmi les agents récemment décrits, le Grapevine Pinot gris virus (GPGV) et le Grapevine Red globe virus (GRGV) pourraient être associés à des pathologies particulières (de type "court-noué" pour le GPGV) et leur découverte en France par les équipes SPE va nécessiter une évaluation plus précise du potentiel pathogénique de ces virus et de leur(s) mode(s) de dissémination, soit par diffusion de matériel infecté, soit par transmission par des vecteurs aériens. Le GPGV est un Trichovirus apparenté au Grapevine berry inner necrosis virus, transmis par l'acarien éryophide Colomerus vitis. Il sera ainsi très important de rechercher si l'un ou l'autre des 2 acariens très communs sur vigne, Colomerus vitis et Calepitrimerus vitis sont en mesure de transmettre le GPGV. Ces résultats pourraient avoir des conséquences cruciales sur l'épidémiologie de cette virose et sur les mesures à mettre en place pour limiter la diffusion de ce virus potentiellement inquiétant pour la viticulture française.

Résultats :

L’utilisation d’approches de diagnostic basées sur l’utilisation du séquençage haut débit puis sur l’analyse bioinformatique des séquences obtenues a permis de mettre en évidence le GPGV sur des plants de Merlot greffés sur le porte greffe Gravesac provenant de la région de Bordeaux ainsi que sur des plants de Carignan, montrant des symptômes foliaires sévères de déformation, fasciation et chlorose faisant penser à des symptômes de court-noué. L'ensemble des tests sérologiques et moléculaires réalisés n'avaient pas permis de mettre en évidence un éventuel Nepovirus, agent du court-noué.

Le GRGV a lui été identifié sur des plants de Cabernet Franc greffés sur Gravesac et provenant également de la région bordelaise. Sur la base des séquences obtenues, des tests de détection par RT-PCR à l'aide d'amorces spécifiques de ces 2 virus, ont été mis au point. Ces outils de détection vont permettre de mener des études de prévalence de ces 2 virus, afin de connaître d'une part leur aire de répartition en France et les cépages affectés, et d’autre part la diversité moléculaire en France de ces agents.

Perspectives (facultatif) : La présence de ces virus en France et, en particulier, du GPGV, pose de façon plus aigüe la question de la pathogénicité de ces agents et de leur épidémiologie. Un projet européens (ArimNet2) impliquant un consortium international et agrégeant, outre les deux équipes INRA, des chercheurs Italiens, Espagnols, Slovènes et Slovaques, est en cours de montage pour conduire des efforts internationaux afin de parvenir à une meilleure compréhension de la contribution du GPGV à des pathologies de la vigne et de disposer de moyens de détection et de lutte efficaces en Europe.

Valorisation : Publications (Disease notes)

Références bibliographiques :

1. Glasa, M., Predajna, L., Komınek, P., Nagyova, A., Candresse, T., Olmos, A. ( 2014). Molecular characterization of divergent grapevine Pinot gris virus isolates and their detection in Slovak and Czech grapevines. Arch Virol DOI 10.1007/s00705-014-2031-5. Molecular characterization of divergent grapevine Pinot gris virus isolates and their detection in Slovak and Czech grapevines. Arch Virol DOI 10.1007/s00705-014-2031-5

2. Beuve, M., Candresse, T., Tannières, M. & Lemaire, O. (2014) First Report of Grapevine Pinot gris virus (GPGV) in grapevine in France. Plant Disease, sous presse. First Report of Grapevine Pinot gris virus (GPGV) in grapevine in France. Plant Disease, sous presse

3. Beuve, M., Candresse, T., Tannières, M. & Lemaire, O. (2014) First Report of Grapevine Red Globe virus (GRGV) in grapevine in France. Plant Disease, sous presse. www.apsnet.org/publications/plantdisease/2015/March/Pages/99_3_422.2.aspx